czy muszę sprzedawać bydło z certyfikatem konkretnemu ZM?

Nie.
To rolnik jest właścicielem swoich zwierząt i może sprzedawać dowolnemu zakładowi. Jednakże należy zauważyć, że zakład mięsny, który sam posiada certyfikat QMP może zaoferować większą stawkę za bydło QMP.